ปี พ.ศ. ๒๕๔๙ คณะรัฐมนตรี มีมติเห็นชอบขั้นตอนการจัดตั้งองค์กรมหาชน ตามมติคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ (ก.พ.ร.) ครั้งที่ ๔/๒๕๔๙ ให้สำนักงานกรรมการพัฒนาระบบราชการเป็นผู้ดำเนินการ
วันที่ ๑๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๖๐ คณะรัฐมนตรีได้มีมติมอบหมายให้กระทรวงคมนาคม (คค.) ร่วมกับสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ (สศช.) และหน่วยงานที่เกี่ยวข้องร่วมกัน (รฟท.) เพื่อกำกับการดำเนินงานโครงการให้มีประสิทธิภาพ เหมาะสมสำหรับดำเนินกิจการระบบรถไฟความเร็วสูง ซึ่งต้องเป็นไปตามขั้นตอนของกฎหมาย ระเบียบ และมติคณะรัฐมนตรี
วันที่ ๑๖ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๖๒ สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ ได้แจ้งแนวทางปฏิบัติเกี่ยวกับการขอจัดตั้งและการประเมินผลหน่วยงานบริการรูปแบบพิเศษ และแจ้งเกี่ยวกับขั้นตอนการจัดตั้งองค์การมหาชน เนื่องจากมีการแก้ไขปรับปรุงพระราชบั ญญัติองค์การมหาชน (ฉบับที่ ๒) พ.ศ. ๒๕๔๙ โดยกำหนดให้มีคณะกรรมการพัฒนาและส่งเสริมองค์การมหาชน (กพม.) มีอำนาจหน้าที่เสนอคณะรัฐมนตรีให้ความเห็นชอบการจัดตั้ง การรวม หรือการยุบเลิกองค์การมหาชน ประกอบกับระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรี ว่าด้วยการบริหารงานของหน่วยบริการรูปแบบพิเศษ (ฉบับที่ ๒) พ.ศ. ๒๕๖๐ กำหนดให้คณะกรรมการพัฒนาและส่งเสริมองค์การมหาชนทำหน้าที่พิจารณาให้ความเห็นชอบการแปลงสภาพเป็นหน่วยบริการรูปแบบพิเศษแทนคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ (ก.พ.ร.) ซึ่งมีอยู่เดิม เพื่อให้เกิดความชัดเจนในการปฏิบัติของส่วนราชการ สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการจึงขอปรับปรุงแนวทางการปฏิบัติเฉพาะในส่วนที่เกี่ยวกับขั้นตอนการจัดตั้งองค์การมหาชน และการแปลงสภาพเป็นหน่วยบริการรูปแบบพิเศษ เพื่อให้สอดคล้องกับกฎหมายที่แก้ไขปรับปรุงใหม่ ซึ่งมีการพิจารณารูปแบบที่เหมาะสมที่สุดแล้ว
วันที่ 22 ธันวาคม พ.ศ. 2560 คณะกรรมการบริหารการพัฒนาโครงการความร่วมมือด้านรถไฟระหว่างไทย – จีน (คบร.) มีคำสั่งแต่งตั้งคณะอนุกรรมการจัดตั้งองค์กรพิเศษเพื่อกำกับดำเนินโครงการรถไฟความเร็วสูง โดยรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคมเป็นประธาน และจากการประชุม 2 ครั้ง เมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ พ.ศ 2561 และวันที่ 20 มิถุนายน พ.ศ. 2561 ได้ข้อสรุปว่ารูปแบบที่มีความเหมาะสมสำหรับการจัดตั้งองค์กรใหม่ คือองค์กรในลักษณะของบริษัทที่ทำหน้าที่ถือหุ้นและกรรมสิทธิ์ทรัพย์สิน ในรูปแบบ Asset Corporation (Asset Co.) โดยมีกระทรวงการคลังเป็นผู้ถือหุ้นใหญ่และให้การรถไฟแห่งประเทศไทย เข้าร่วมเป็นผู้ถือหุ้น
วันที่ 29 กันยายน พ.ศ. 2563 คณะรัฐมนตรีมอบหมายให้กระทรวงคมนาคม การรถไฟแห่งประเทศไทย และหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเร่งดำเนินการ ขออนุมัติดำเนินโครงการพัฒนาระบบรถไฟความเร็วสูงเพื่อเชื่อมโยงภูมิภาค ช่วงกรุงเทพมหานคร – หนองคาย (ระยะที่ 1 ช่วงกรุงเทพมหานคร -นครราชสีมา) โดยเฉพาะการจัดตั้งองค์กรพิเศษที่เป็นอิสระจากการกำกับกิจการของการรถไฟแห่งประเทศไทย และเตรียมการในส่วนที่เกี่ยวข้องกับโครงการฯ ในช่วงที่เหลือ (ช่วงนครราชสีมา – หนองคาย)
ปัจจุบันสำนักงานบริหารการพัฒนาโครงการความร่วมมือด้านรถไฟระหว่างไทย-จีน
กระทรวงคมนาคม (คค.) ได้รับงบประมาณ ในปี พ.ศ. 2564 ผูกพันงบประมาณปี พ.ศ. 2565 อยู่ระหว่างดำเนินการจัดจ้างที่ปรึกษาจัดทำรายละเอียดการจัดตั้งองค์กรพิเศษฯ