สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาแจ้งให้การรถไฟแห่งประเทศไทย (รฟท.) เมื่อวันที่ 21 มกราคม พ.ศ. 2563 ว่าทางสำนักงานฯ ได้ตรวจสอบพิจารณาร่างพระราชกฤษฎีกากำหนดเขตที่ดินในบริเวณที่ที่จะเวนคืน เพื่อดำเนินโครงการรถไฟความเร็วสูง ช่วงกรุงเทพมหานคร – นครราชสีมา เสร็จแล้ว โดยมีการแก้ไขรูปแบบการกำหนดวัตถุประสงค์การเวนคืนให้รองรับกรณีมีความจำเป็นและให้สอดคล้องกับสภาพพื้นที่ และขอให้การรถไฟแห่งประเทศไทย ยืนยันความเห็นชอบร่างพระราชกฤษฎีกากำหนดเขตที่ดินในบริเวณที่จะเวนคืนที่ผ่านการตรวจพิจารณาแล้ว และส่งแผนที่ท้ายร่างพระราชกฤษฎีกากำหนดเขตที่ดินในบริเวณที่จะเวนคืน ที่การรถไฟแห่งประเทศไทย รับไปแก้ไข ตรวจสอบ และรับรองความถูกต้อง
การพัฒนาระบบรถไฟความเร็วสูงเพื่อเชื่อมโยงภูมิภาคช่วงกรุงเทพมหานคร – หนองคาย (ระยะที่ 1 ช่วงกรุงเทพมหานคร – นครราชสีมา) กรณีรายงานการประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อม (EIA)
ช่วงกรุงเทพมหานคร – บ้านภาชี (ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของรายงาน EIA โครงการรถไฟความเร็วสูง
ช่วงกรุงเทพมหานคร – พิษณุโลก) ของสำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร ได้รับความเห็นชอบจากคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม 2560 ซึ่งในชั้นการตรวจพิจารณาของสำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกา การรถไฟแห่งประเทศไทยได้ขอเปลี่ยนแปลงรายละเอียดโครงการ
ในรายงาน EIA ช่วงกรุงเทพมหานคร – บ้านภาชี ให้สำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติ
และสิ่งแวดล้อม (สผ.) โดยคณะกรรมการผู้ชำนาญการพิจารณารายงาน EIA ได้พิจารณา เมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม 2563 มีมติให้ปรับปรุงรายงานการขอเปลี่ยนแปลงรายละเอียดโครงการในรายงาน EIA
วันที่ 16 ตุลาคม 2563 การรถไฟแห่งประเทศไทย แจ้งขอถอนรายงานการขอเปลี่ยนแปลงรายละเอียดโครงการ ในรายงานการประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อมโครงการฯ ช่วงกรุงเทพมหานคร – บ้านภาชี เนื่องจากประเด็นกรณีสถานีอยุธยาที่ยังไม่มีข้อยุติ โดยกลับไปใช้รายละเอียดตามรายงาน EIA ฉบับเดิม